EMM 26-27 — Macromoléculas para el análisis de caso estructural
EMM 26-27 — Macromoléculas para el análisis de caso estructural
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data.rcsb.org/rest/v1/core/entry/): título, método, resolución y número de cadenas salen de la propia base de datos, no de memoria. El script de verificación queda encampus/verificar_pdb.py; volver a pasarlo antes de publicar la lista cada curso, porque las entradas se sustituyen y se retiran.
La lista contiene 97 opciones. Elegid tres por orden de preferencia y enviadlas por email a amoyag[en]uma.es hasta el 20 de octubre de 2026 a las 23:59. Incluid nombre de la molécula y código PDB. No uséis el correo del Campus Virtual. Las coincidencias se resuelven por sorteo en rondas de preferencias, no por orden de llegada. La asignación requiere confirmación; esta página no es un registro de reservas en tiempo real.
Instrucciones completas y paquete del caso.
Hemoglobina, ribosoma y RNasa A quedan reservados para los ejemplos de clase. La entrada propuesta sirve de punto de partida: el profesor puede acotar un dominio o ajustar la estructura de referencia para que la dificultad sea comparable. Comprobad el acceso a la publicación antes de confirmar vuestra elección y comunicad cualquier dificultad.
Leyenda: cad = cadenas polipeptídicas depositadas · lig = entidades no poliméricas (ligandos, cofactores, iones) · resolución en Å, vacía si el método no la define.
A. Oligomería, cooperatividad y alostería
Territorio: T9, T12
| PDB | Macromolécula | Método | Res. | cad | lig | Año |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AT1 | Aspartato transcarbamilasa | rayos X | 2.80 | 4 | 3 | 1990 |
| 9GPB | Glucogeno fosforilasa | rayos X | 2.90 | 4 | 1 | 1992 |
| 1FPY | Glutamina sintetasa | rayos X | 2.89 | 12 | 3 | 2001 |
| 1T5A | Piruvato quinasa M2 | rayos X | 2.80 | 4 | 6 | 2005 |
| 1I10 | Lactato deshidrogenasa | rayos X | 2.30 | 8 | 3 | 2001 |
| 1RLR | Ribonucleotido reductasa R1 | rayos X | 2.50 | 1 | 0 | 1996 |
| 1DGF | Catalasa humana | rayos X | 1.50 | 4 | 3 | 2000 |
| 3CNA | Concanavalina A | rayos X | 2.40 | 1 | 2 | 1976 |
| 1ARS | Aspartato aminotransferasa | rayos X | 1.80 | 1 | 1 | 1994 |
| 1MSO | Insulina humana | rayos X | 1.00 | 4 | 1 | 2003 |
B. Grandes ensamblados y proteínas fibrosas
Territorio: T9
| PDB | Macromolécula | Método | Res. | cad | lig | Año |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1RYP | Proteasoma 20S | rayos X | 1.90 | 28 | 1 | 1998 |
| 1AON | GroEL-GroES | rayos X | 3.00 | 21 | 2 | 1997 |
| 1AOI | Particula nuclear del nucleosoma | rayos X | 2.80 | 10 | 1 | 1998 |
| 3GHG | Fibrinogeno | rayos X | 2.90 | 20 | 1 | 2009 |
| 1OHG | Capside del bacteriofago HK97 | rayos X | 3.45 | 7 | 2 | 2003 |
| 2TMV | Cubierta del virus del mosaico del tabaco | rayos X | 2.90 | 2 | 1 | 1989 |
| 1FHA | Ferritina | rayos X | 2.40 | 1 | 2 | 1992 |
| 1S5L | Fotosistema II | rayos X | 3.50 | 38 | 9 | 2004 |
| 1ATN | Actina en complejo con DNasa I | rayos X | 2.80 | 2 | 2 | 1992 |
| 1JFF | Tubulina | crio-EM/ED | 3.50 | 2 | 5 | 2001 |
| 2MYS | Miosina | rayos X | 2.80 | 3 | 2 | 1997 |
| 3FCS | Integrina alfaIIb beta3 | rayos X | 2.55 | 4 | 4 | 2009 |
| 1CAG | Triple helice de colageno | rayos X | 1.85 | 3 | 1 | 1994 |
C. Proteínas de membrana
Territorio: T9
| PDB | Macromolécula | Método | Res. | cad | lig | Año |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2RH1 | Receptor beta-2 adrenergico | rayos X | 2.40 | 1 | 7 | 2007 |
| 1F88 | Rodopsina bovina | rayos X | 2.80 | 2 | 3 | 2000 |
| 1J4N | Aquaporina-1 | rayos X | 2.20 | 1 | 1 | 2002 |
| 1BL8 | Canal de potasio KcsA | rayos X | 3.20 | 4 | 1 | 1998 |
| 4PYP | Transportador de glucosa GLUT1 | rayos X | 3.17 | 1 | 1 | 2014 |
| 1C3W | Bacteriorodopsina | rayos X | 1.55 | 1 | 3 | 1999 |
| 1OCC | Citocromo c oxidasa | rayos X | 2.80 | 26 | 4 | 1996 |
| 1BMF | ATP sintasa F1 | rayos X | 2.85 | 7 | 3 | 1996 |
| 3G5U | Glicoproteina P | rayos X | 3.80 | 2 | 1 | 2009 |
| 1SU4 | SERCA | rayos X | 2.40 | 1 | 2 | 2004 |
| 2ZXE | Na+/K+ ATPasa | rayos X | 2.40 | 3 | 5 | 2009 |
| 1OKC | Transportador ADP/ATP mitocondrial | rayos X | 2.20 | 1 | 4 | 2003 |
| 2OMF | Porina OmpF | rayos X | 2.40 | 1 | 1 | 1995 |
| 3RVY | Canal de sodio dependiente de voltaje NavAb | rayos X | 2.70 | 2 | 1 | 2011 |
| 2BG9 | Receptor nicotinico de acetilcolina | crio-EM/ED | 4.00 | 5 | 0 | 2005 |
D. Estabilidad, plegamiento y chaperonas
Territorio: T10, T11
| PDB | Macromolécula | Método | Res. | cad | lig | Año |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1HL5 | Superoxido dismutasa 1 | rayos X | 1.80 | 18 | 3 | 2003 |
| 1F41 | Transtiretina | rayos X | 1.30 | 2 | 0 | 2000 |
| 1QLP | Alfa-1 antitripsina | rayos X | 2.00 | 1 | 0 | 1999 |
| 1E05 | Antitrombina | rayos X | 2.62 | 2 | 4 | 2000 |
| 1QM0 | Proteina prionica | NMR | — | 1 | 0 | 1999 |
| 2LZM | Lisozima T4 | rayos X | 1.70 | 1 | 0 | 1986 |
| 1UBQ | Ubiquitina | rayos X | 1.80 | 1 | 0 | 1987 |
| 1PGB | Dominio B1 de la proteina G | rayos X | 1.92 | 1 | 0 | 1994 |
| 1VII | Subdominio headpiece de villina | NMR | — | 1 | 0 | 1997 |
| 1CSP | Proteina de choque frio CspB | rayos X | 2.45 | 1 | 0 | 1995 |
| 2CI2 | Inhibidor de quimotripsina 2 | rayos X | 2.00 | 1 | 0 | 1988 |
| 1TIT | Dominio Ig de titina | NMR | — | 1 | 0 | 1996 |
| 1EMA | Proteina verde fluorescente | rayos X | 1.90 | 1 | 0 | 1996 |
| 1YET | Hsp90 dominio N-terminal | rayos X | 1.90 | 1 | 1 | 1998 |
| 3HSC | Hsp70 dominio de union a nucleotido | rayos X | 1.93 | 1 | 4 | 1995 |
E. Reconocimiento proteína–ligando y diseño de fármacos
Territorio: T12
| PDB | Macromolécula | Método | Res. | cad | lig | Año |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1HXB | Proteasa del VIH-1 | rayos X | 2.30 | 2 | 1 | 1997 |
| 1RX2 | Dihidrofolato reductasa | rayos X | 1.80 | 1 | 4 | 1997 |
| 1CX2 | Ciclooxigenasa-2 | rayos X | 3.00 | 4 | 3 | 1997 |
| 1CA2 | Anhidrasa carbonica II | rayos X | 2.00 | 1 | 1 | 1990 |
| 1PPB | Trombina | rayos X | 1.92 | 2 | 1 | 1994 |
| 1NNC | Neuraminidasa de influenza | rayos X | 1.80 | 1 | 4 | 1996 |
| 1M17 | Dominio quinasa del EGFR | rayos X | 2.60 | 1 | 1 | 2002 |
| 1IEP | ABL quinasa con imatinib | rayos X | 2.10 | 2 | 2 | 2001 |
| 3OG7 | BRAF quinasa | rayos X | 2.45 | 2 | 1 | 2010 |
| 1HCK | Quinasa dependiente de ciclina 2 | rayos X | 1.90 | 1 | 2 | 1996 |
| 1HWK | HMG-CoA reductasa | rayos X | 2.22 | 4 | 2 | 2001 |
| 1O86 | Enzima convertidora de angiotensina | rayos X | 2.00 | 1 | 4 | 2003 |
| 2V0Z | Renina | rayos X | 2.20 | 2 | 2 | 2007 |
| 1BTL | Beta-lactamasa TEM-1 | rayos X | 1.80 | 1 | 1 | 1995 |
| 1VQQ | Proteina de union a penicilina PBP2a | rayos X | 1.80 | 2 | 2 | 2004 |
| 3ERT | Receptor de estrogenos LBD | rayos X | 1.90 | 1 | 1 | 1999 |
| 2AM9 | Receptor de androgenos LBD | rayos X | 1.64 | 1 | 4 | 2006 |
| 1M2Z | Receptor de glucocorticoides | rayos X | 2.50 | 4 | 2 | 2003 |
| 3EQM | Aromatasa | rayos X | 2.90 | 1 | 3 | 2008 |
| 1TQN | Citocromo P450 3A4 | rayos X | 2.05 | 1 | 1 | 2004 |
| 1FIQ | Xantina oxidasa | rayos X | 2.50 | 3 | 5 | 2000 |
| 2V5Z | Monoamino oxidasa B | rayos X | 1.60 | 2 | 2 | 2007 |
| 1UDT | Fosfodiesterasa 5 | rayos X | 2.30 | 1 | 3 | 2004 |
| 1US0 | Aldosa reductasa | rayos X | 0.66 | 1 | 3 | 2004 |
| 1TSN | Timidilato sintasa | rayos X | 2.20 | 1 | 3 | 1997 |
| 1X70 | Dipeptidil peptidasa 4 | rayos X | 2.10 | 2 | 3 | 2005 |
| 6LU7 | Proteasa principal del SARS-CoV-2 | rayos X | 2.16 | 2 | 0 | 2020 |
| 4EY7 | Acetilcolinesterasa humana | rayos X | 2.35 | 2 | 4 | 2012 |
F. Reconocimiento proteína–proteína y proteína–ácido nucleico
Territorio: T12, T13, T14
| PDB | Macromolécula | Método | Res. | cad | lig | Año |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BRS | Barnasa-barstar | rayos X | 2.00 | 6 | 0 | 1994 |
| 1FDL | Lisozima con Fab | rayos X | 2.50 | 3 | 0 | 1991 |
| 1TSR | Dominio de union a DNA de p53 | rayos X | 2.20 | 5 | 1 | 1996 |
| 1YCR | MDM2 con peptido de p53 | rayos X | 2.60 | 2 | 0 | 1997 |
| 4G0N | H-Ras con el dominio RBD de Raf | rayos X | 2.45 | 2 | 5 | 2013 |
| 4FJ3 | Proteina 14-3-3 | rayos X | 1.95 | 3 | 0 | 2012 |
| 1CDL | Calmodulina con peptido | rayos X | 2.00 | 8 | 1 | 1994 |
| 1STP | Estreptavidina con biotina | rayos X | 2.60 | 1 | 1 | 1992 |
| 1TRO | Represor trp con operador | rayos X | 1.90 | 8 | 1 | 1994 |
| 1EFA | Represor lac | rayos X | 2.60 | 5 | 1 | 2000 |
| 1AAY | Dedo de zinc Zif268 con DNA | rayos X | 1.60 | 3 | 1 | 1997 |
| 1CDW | Proteina de union a TATA | rayos X | 1.90 | 3 | 0 | 1996 |
| 6M0J | RBD de la espicula SARS-CoV-2 con ACE2 | rayos X | 2.45 | 2 | 3 | 2020 |
| 1XTC | Toxina colerica | rayos X | 2.40 | 7 | 0 | 1996 |
| 3BTA | Neurotoxina botulinica | rayos X | 3.20 | 1 | 1 | 1999 |
| 1ACC | Antigeno protector del antrax | rayos X | 2.10 | 1 | 1 | 1998 |
Total: 97 entradas.
Al explorar una opción
Los apartados se solapan: una molécula puede servir para estudiar varios temas. En complejos grandes, acordad con el profesor qué dominio o interfaz vais a analizar. No hace falta describir cada cadena del complejo.
Las entradas de RMN y de microscopía electrónica requieren interpretar la calidad del modelo según su método; no trasladéis automáticamente los indicadores de rayos X. La cifra de resolución nunca sustituye la inspección de la región sobre la que vais a razonar.