EMM — Macromoléculas del caso estructural

Son 97 para ~75 estudiantes: el excedente permite que elijan y que no haya dos fichas sobre la misma molécula. Reparto por sorteo o por elección con fecha límite, a criterio del coordinador.

Tres moléculas están excluidas a propósito: hemoglobina, ribosoma y RNasa A. Son el hilo conductor del curso y se trabajan en clase; ponerlas aquí convertiría la ficha en un resumen de apuntes.

Leyenda: cad = cadenas polipeptídicas depositadas · lig = entidades no poliméricas (ligandos, cofactores, iones) · resolución en Å, vacía si el método no la define.

A. Oligomería, cooperatividad y alostería

Territorio: T9, T12

PDB	Macromolécula	Método	Res.	cad	lig	Año
1AT1	Aspartato transcarbamilasa	rayos X	2.80	4	3	1990
9GPB	Glucogeno fosforilasa	rayos X	2.90	4	1	1992
1FPY	Glutamina sintetasa	rayos X	2.89	12	3	2001
1T5A	Piruvato quinasa M2	rayos X	2.80	4	6	2005
1I10	Lactato deshidrogenasa	rayos X	2.30	8	3	2001
1RLR	Ribonucleotido reductasa R1	rayos X	2.50	1	0	1996
1DGF	Catalasa humana	rayos X	1.50	4	3	2000
3CNA	Concanavalina A	rayos X	2.40	1	2	1976
1ARS	Aspartato aminotransferasa	rayos X	1.80	1	1	1994
1MSO	Insulina humana	rayos X	1.00	4	1	2003

B. Grandes ensamblados y proteínas fibrosas

Territorio: T9

PDB	Macromolécula	Método	Res.	cad	lig	Año
1RYP	Proteasoma 20S	rayos X	1.90	28	1	1998
1AON	GroEL-GroES	rayos X	3.00	21	2	1997
1AOI	Particula nuclear del nucleosoma	rayos X	2.80	10	1	1998
3GHG	Fibrinogeno	rayos X	2.90	20	1	2009
1OHG	Capside del bacteriofago HK97	rayos X	3.45	7	2	2003
2TMV	Cubierta del virus del mosaico del tabaco	rayos X	2.90	2	1	1989
1FHA	Ferritina	rayos X	2.40	1	2	1992
1S5L	Fotosistema II	rayos X	3.50	38	9	2004
1ATN	Actina en complejo con DNasa I	rayos X	2.80	2	2	1992
1JFF	Tubulina	crio-EM/ED	3.50	2	5	2001
2MYS	Miosina	rayos X	2.80	3	2	1997
3FCS	Integrina alfaIIb beta3	rayos X	2.55	4	4	2009
1CAG	Triple helice de colageno	rayos X	1.85	3	1	1994

C. Proteínas de membrana

Territorio: T9

PDB	Macromolécula	Método	Res.	cad	lig	Año
2RH1	Receptor beta-2 adrenergico	rayos X	2.40	1	7	2007
1F88	Rodopsina bovina	rayos X	2.80	2	3	2000
1J4N	Aquaporina-1	rayos X	2.20	1	1	2002
1BL8	Canal de potasio KcsA	rayos X	3.20	4	1	1998
4PYP	Transportador de glucosa GLUT1	rayos X	3.17	1	1	2014
1C3W	Bacteriorodopsina	rayos X	1.55	1	3	1999
1OCC	Citocromo c oxidasa	rayos X	2.80	26	4	1996
1BMF	ATP sintasa F1	rayos X	2.85	7	3	1996
3G5U	Glicoproteina P	rayos X	3.80	2	1	2009
1SU4	SERCA	rayos X	2.40	1	2	2004
2ZXE	Na+/K+ ATPasa	rayos X	2.40	3	5	2009
1OKC	Transportador ADP/ATP mitocondrial	rayos X	2.20	1	4	2003
2OMF	Porina OmpF	rayos X	2.40	1	1	1995
3RVY	Canal de sodio dependiente de voltaje NavAb	rayos X	2.70	2	1	2011
2BG9	Receptor nicotinico de acetilcolina	crio-EM/ED	4.00	5	0	2005

D. Estabilidad, plegamiento y chaperonas

Territorio: T10, T11

PDB	Macromolécula	Método	Res.	cad	lig	Año
1HL5	Superoxido dismutasa 1	rayos X	1.80	18	3	2003
1F41	Transtiretina	rayos X	1.30	2	0	2000
1QLP	Alfa-1 antitripsina	rayos X	2.00	1	0	1999
1E05	Antitrombina	rayos X	2.62	2	4	2000
1QM0	Proteina prionica	NMR	—	1	0	1999
2LZM	Lisozima T4	rayos X	1.70	1	0	1986
1UBQ	Ubiquitina	rayos X	1.80	1	0	1987
1PGB	Dominio B1 de la proteina G	rayos X	1.92	1	0	1994
1VII	Subdominio headpiece de villina	NMR	—	1	0	1997
1CSP	Proteina de choque frio CspB	rayos X	2.45	1	0	1995
2CI2	Inhibidor de quimotripsina 2	rayos X	2.00	1	0	1988
1TIT	Dominio Ig de titina	NMR	—	1	0	1996
1EMA	Proteina verde fluorescente	rayos X	1.90	1	0	1996
1YET	Hsp90 dominio N-terminal	rayos X	1.90	1	1	1998
3HSC	Hsp70 dominio de union a nucleotido	rayos X	1.93	1	4	1995

E. Reconocimiento proteína–ligando y diseño de fármacos

Territorio: T12

PDB	Macromolécula	Método	Res.	cad	lig	Año
1HXB	Proteasa del VIH-1	rayos X	2.30	2	1	1997
1RX2	Dihidrofolato reductasa	rayos X	1.80	1	4	1997
1CX2	Ciclooxigenasa-2	rayos X	3.00	4	3	1997
1CA2	Anhidrasa carbonica II	rayos X	2.00	1	1	1990
1PPB	Trombina	rayos X	1.92	2	1	1994
1NNC	Neuraminidasa de influenza	rayos X	1.80	1	4	1996
1M17	Dominio quinasa del EGFR	rayos X	2.60	1	1	2002
1IEP	ABL quinasa con imatinib	rayos X	2.10	2	2	2001
3OG7	BRAF quinasa	rayos X	2.45	2	1	2010
1HCK	Quinasa dependiente de ciclina 2	rayos X	1.90	1	2	1996
1HWK	HMG-CoA reductasa	rayos X	2.22	4	2	2001
1O86	Enzima convertidora de angiotensina	rayos X	2.00	1	4	2003
2V0Z	Renina	rayos X	2.20	2	2	2007
1BTL	Beta-lactamasa TEM-1	rayos X	1.80	1	1	1995
1VQQ	Proteina de union a penicilina PBP2a	rayos X	1.80	2	2	2004
3ERT	Receptor de estrogenos LBD	rayos X	1.90	1	1	1999
2AM9	Receptor de androgenos LBD	rayos X	1.64	1	4	2006
1M2Z	Receptor de glucocorticoides	rayos X	2.50	4	2	2003
3EQM	Aromatasa	rayos X	2.90	1	3	2008
1TQN	Citocromo P450 3A4	rayos X	2.05	1	1	2004
1FIQ	Xantina oxidasa	rayos X	2.50	3	5	2000
2V5Z	Monoamino oxidasa B	rayos X	1.60	2	2	2007
1UDT	Fosfodiesterasa 5	rayos X	2.30	1	3	2004
1US0	Aldosa reductasa	rayos X	0.66	1	3	2004
1TSN	Timidilato sintasa	rayos X	2.20	1	3	1997
1X70	Dipeptidil peptidasa 4	rayos X	2.10	2	3	2005
6LU7	Proteasa principal del SARS-CoV-2	rayos X	2.16	2	0	2020
4EY7	Acetilcolinesterasa humana	rayos X	2.35	2	4	2012

F. Reconocimiento proteína–proteína y proteína–ácido nucleico

Territorio: T12, T13, T14

PDB	Macromolécula	Método	Res.	cad	lig	Año
1BRS	Barnasa-barstar	rayos X	2.00	6	0	1994
1FDL	Lisozima con Fab	rayos X	2.50	3	0	1991
1TSR	Dominio de union a DNA de p53	rayos X	2.20	5	1	1996
1YCR	MDM2 con peptido de p53	rayos X	2.60	2	0	1997
4G0N	H-Ras con el dominio RBD de Raf	rayos X	2.45	2	5	2013
4FJ3	Proteina 14-3-3	rayos X	1.95	3	0	2012
1CDL	Calmodulina con peptido	rayos X	2.00	8	1	1994
1STP	Estreptavidina con biotina	rayos X	2.60	1	1	1992
1TRO	Represor trp con operador	rayos X	1.90	8	1	1994
1EFA	Represor lac	rayos X	2.60	5	1	2000
1AAY	Dedo de zinc Zif268 con DNA	rayos X	1.60	3	1	1997
1CDW	Proteina de union a TATA	rayos X	1.90	3	0	1996
6M0J	RBD de la espicula SARS-CoV-2 con ACE2	rayos X	2.45	2	3	2020
1XTC	Toxina colerica	rayos X	2.40	7	0	1996
3BTA	Neurotoxina botulinica	rayos X	3.20	1	1	1999
1ACC	Antigeno protector del antrax	rayos X	2.10	1	1	1998

Total: 97 entradas.

Notas de reparto

Los grupos no son estancos: una ficha sobre 1IEP (ABL con imatinib) toca reconocimiento molecular y también estabilidad conformacional. El grupo indica dónde está el centro de gravedad, no un límite.
Cinco entradas no son de rayos X: 2BG9 y 1JFF (microscopía electrónica), 1TIT, 1QM0 y 1VII (RMN). Están puestas a propósito: quien las reciba tiene que darse cuenta de que el campo «resolución» no aplica igual, y eso es exactamente RAE3. No retirarlas para «homogeneizar».
Entradas con muchas cadenas (1RYP con 28, 1OCC con 26, 1AON con 21, 3GHG con 20, 1S5L con 38 en el fichero completo) son más trabajo de descripción. Repartirlas entre estudiantes distintos y no concentrarlas.
Varias son estructuras antiguas a resolución modesta (2BG9 a 4 Å, 1S5L a 3,5 Å). Es material bueno: obliga a decir qué se puede afirmar y qué no, que es la pregunta del curso entero.