Caso estructural: vuestra proteína a lo largo del bloque II

Estructura de Macromoléculas · 2026–27 · Trabajo individual · 5 % de la nota final

Vais a estudiar una macromolécula elegida por vosotros y a aplicar a ella lo que veamos entre T7 y T12: arquitectura, ensamblado, estabilidad, plegamiento y reconocimiento. El resultado será una ficha de una o dos páginas, incluidos texto, figuras y referencias. El trabajo comienza el 14 de octubre y tiene límite de entrega el 10 de diciembre de 2026, a las 23:30, por Campus Virtual.

Descargar el paquete del caso (ZIP) · Plantilla editable (texto) · Lista de moléculas

Cómo elegir vuestra molécula

1. Explorad la lista y seleccionad tres moléculas diferentes, por orden de preferencia. Los apartados os ayudan a escoger por interés: enzimas, membrana, plegamiento, reconocimiento…
2. Abrid sus entradas del PDB. Comprobad que podéis localizar el artículo principal y reconocer al menos qué proteína es, qué función tiene y qué se ha resuelto. No hace falta entenderla entera para elegirla.
3. Enviad a amoyag[en]uma.es un email antes del 20 de octubre a las 23:59, con asunto «EMM — elección de caso». En el cuerpo del e-mail vuestro nombre y las tres opciones (nombre y código PDB). Añadid una frase sobre vuestro interés por la primera. Podéis preparar la elección desde la clase del 14 de octubre. No uséis la opción de correo electrónico del Campus Virtual.
4. Cada molécula tendrá un estudiante. Si varios solicitan la misma primera opción, se sorteará entre ellos; quienes no la obtengan pasarán a su siguiente opción disponible. Se resolverán las preferencias por rondas, sin dar prioridad por enviar antes dentro del plazo. Si se agotan vuestras tres opciones, recibiréis las alternativas disponibles.
5. Aurelio confirmará la asignación por Campus Virtual. Enviar preferencias no equivale a tener la molécula asignada. Podéis explorar vuestra primera opción mientras tanto, pero esperad la confirmación antes de invertir en el análisis detallado. Quien no envíe preferencias elegirá entre las opciones restantes con el profesor.

La lista es un punto de partida. Podéis proponer otra proteína acompañada de una entrada experimental y una referencia accesible; requiere confirmación del profesor. Hemoglobina, ribosoma y RNasa A quedan reservados para los ejemplos de clase. Si un caso resulta desproporcionadamente difícil o su artículo no es accesible, pedid un ajuste o un cambio: no se evalúa la complejidad de la molécula.

Qué hacer desde el primer día

• Descargad y abrid la plantilla en vuestro editor. Conservad un cuaderno personal con enlaces, observaciones y preguntas; solo entregaréis la ficha final.
• Abrid la entrada en RCSB PDB y localizad método, calidad del modelo, entidades, ensamblado biológico y publicación principal. Guardad el enlace y la fecha de consulta.
• Utilizad el visor 3D de la propia entrada: identificad cadenas, representación de cintas y ligandos. Para empezar no es necesario instalar programas ni predecir una estructura nueva.
• Leed primero el resumen y las figuras pertinentes del artículo. Después, los resultados y métodos que sustenten vuestra explicación. Si solo habéis podido leer el resumen, no lo presentéis como lectura del artículo completo; consultad el acceso por la biblioteca o al profesor.
• Anotad una observación concreta y una pregunta que todavía no sepáis responder. Volveréis sobre ellas durante el bloque.

Cómo repartir el trabajo

Presupuesto orientativo: 20 horas de trabajo autónomo en total, distribuidas durante el bloque; no veinte horas de redacción ni una nueva entrega cada semana.

No se exige encontrar una curva de estabilidad o una ruta de plegamiento publicada para todas las proteínas. Cuando falte información, reconoced el límite y explicad qué dato haría falta. Las conclusiones de vuestra ficha deben estar respaldadas por la estructura o por una fuente identificada.

Qué entregar y cómo se corrige

Un PDF individual de una o dos páginas, con nombre, molécula, ocho campos y referencias. Podéis integrar una o dos vistas pequeñas si ayudan a entender el sitio o la arquitectura: identificad entrada, cadenas y residuos señalados. No añadáis portada ni anexos. Nombre del archivo: Apellidos_Nombre_caso.pdf.

Cada campo se puntúa 0, 1 o 2: ausente o incorrecto; presente pero incompleto o impreciso; completo y correcto con los datos solicitados. Total sobre 16, convertido al 5 % de la asignatura. La longitud o la sofisticación gráfica no añaden puntos. Los campos 2, 5 y 7 exigen especial atención a evidencia y límites.

El examen incluirá también una aplicación a vuestra molécula: 15 % del examen, equivalente al 10,5 % de la nota final. La ficha y esa respuesta se califican por separado. El cuaderno personal y las revisiones intermedias no llevan nota adicional.

Podéis utilizar IA como ayuda, pero verificad cada dato y referencia y declarad brevemente para qué la habéis usado. No atribuyáis al artículo algo que no habéis leído ni a la estructura algo que no muestra. Debéis poder explicar vuestra propia ficha.

Plantilla: ocho campos

• Nombre:
• Macromolécula y entrada de referencia confirmadas:

1. Identificación

Nombre de la macromolécula, organismo del que procede, entrada del PDB y año de publicación de la entrada.

2. Método y calidad del modelo

Método experimental. Resolución, con unidades — o, si el método no la define de la misma manera, explicad por qué. Y una limitación concreta de este modelo: qué parte de la estructura está peor determinada, qué falta en el fichero, o qué no se puede ver a esta resolución.

3. Composición

Cuántas cadenas polipeptídicas hay depositadas y cuál es el estado oligomérico. Distinguid las cadenas del archivo del ensamblado biológico. Indicad los ligandos, cofactores o iones relevantes y dónde aparecen; no hace falta enumerar todas las aguas.

4. Arquitectura

Elementos de estructura secundaria dominantes y organización en dominios. Si la proteína tiene un plegamiento con nombre reconocible, decidlo.

5. Sitio funcional

Un sitio de unión, un centro activo o una interfaz, descrito con residuos concretos (número y tipo). «El sitio activo está en una hendidura» no vale: indicad cadena, número y tipo de los residuos relevantes. Separad el contacto observado de la función atribuida por la bibliografía.

6. Estructura y función

Dos frases: cómo la arquitectura que habéis descrito hace posible la función. No repitáis el campo 5 — aquí se trata de la conexión, no de la descripción.

7. Elección de técnica

Formulad una pregunta abierta sobre vuestra molécula: algo que no se sepa por esta estructura, o que esta estructura no pueda contestar. Decid qué técnica del curso la respondería, por qué esa y no otra, y qué no os diría.

8. Referencia primaria

Una referencia que hayáis leído — el artículo original de la estructura, u otro sobre la molécula. Cita completa. Y una frase sobre qué aporta que no estuviera en la ficha del PDB.

Ejemplo de cómo acotar una conclusión

«En la entrada elegida se observa un ligando junto a los residuos que señalo en la figura. El artículo aporta evidencia de su papel funcional. Esta estructura permite describir esos contactos, pero no determina por sí sola la afinidad de unión en disolución; para estimarla propondría una medida de unión en condiciones definidas».

Este ejemplo muestra la separación entre observación, fuente e inferencia. En vuestra ficha hay que sustituir las expresiones generales por la entrada, cadenas, residuos y medida concretos que correspondan. No es una respuesta para copiar.